Dom João III, determinando dividir a costa brasileira em capitanias, no período em que Martim Aflonso de Souza estava nesta nova região, presenteou-o, em 1532, com uma que compreendia cem léguas de costa a seu irmão Pedro López de Souza, que acompanhou ele com outros cinquenta; mas a carta de nomeação para Martim Aflonso não foi assinada até o dia 20 de janeiro de 1535, no momento em que ele já havia tomado sua partida para a Índia. Especificou que esta capitania, que depois tomou o nome de São Vicente, devia se estender do rio Macaque até doze léguas ao sul da ilha de Cannanea, onde fica a barra de Paranágua, exceto uma certa parcela de dez léguas, calculada a partir do rio Carapace, chamado Jiquiriquere, ao de São Vincente. A capitania de Pedro López de Souza, que foi nomeada Santo Amaro, incluiu as dez léguas ditas. A de São Vicente quase não existia quarenta anos antes, quando foi privada da metade do seu território, com a finalidade de criar a nova de Rio de Janeiro.

Com a mudança de possuidores, os limites do sul de ambas as capitanias desapareceram, e a jurisdição dos governadores começou a se ampliar gradualmente sobre as províncias que constituiam Minas Geraes, Goyaz, Matto Grosso, Santa Catharina e Rio Grande do Sul, onde, através do advento dos paulistas, as colônias foram plantadas pela primeira vez.

A autoridade de Herrera justificaria a conclusão de que havia uma fábrica em São Vincente no ano de 1527. Em todo o caso, a licença que Martim Affonso concedeu a Pedro Goes, em 3 de março de 1533, com a finalidade de exportar dezessete índios cativos, livre de todos os deveres que costumava pagar, demonstra amplamente que tal estabelecimento existia por algum tempo antes do último ano. Martim Affonso encontrou ali dois europeus, Antonio Rodrigues e João Ramalho, que Herrera imaginou, escaparam de um naufrágio na costa; mas parece improvável que pudessem, por si só, constituir uma fábrica; vez que estabelecimentos desse tipo necessitam necessariamente de um número considerável de pessoas.

Vosgien diz que a cidade de São Paulo era uma espécie de república, independente dos portugueses, e formada por bandas de diferentes nações, o todo estava regulamentado e consistente em piratas e ladrões, que pagaram um tributo de ouro ao rei de Portugal, até serem subjugados por essa coroa. Isso é contrário às autoridades portuguesas, que afirmaram que sempre foram fieis sujeitos de Portugal, desde a fundação da capital.

No período de Felipe II, tornando-se este possuidor de Portugal, e tendo, em consequência, algum controle sobre suas colônias, até o dia da aclamação, que restaurou a coroa para Dom João IV, os paulistas não se separaram da jurisdição da corte castelhana, mas se opuseram aos espanhois que possuíam as terras ricas ao sul e a oeste do Paraguai; e começou a se aproximar do centro do continente com seus estabelecimentos. Isso induziu os paulistas a entrarem em uma expedição secreta em 1631, para interromper seu progresso. Tendo percorrido, com oitocentos homens, os sertões ou o interior, os rios Parannapanema e Tibagy, eles caíram sobre Villa Rica e Ciudad Real. A cidade de Xerez, situada perto das cabeças do rio Mondego, experimentou o mesmo infortúnio; também trinta e duas aldeias que constituíram três pequenas províncias. Os paulistas, embora não designassem os índios domésticos pela denominação de cativos, ou escravos, mas pelo de administrados, descartava-os como tal, dando-os aos credores em pagamento de dívidas e por dote em ocasiões de casamento. Os jesuítas, que possuíam ou tinham o controle sobre um grande número de índios, e sob o poder de quem receberam a denominação de administradores, sem que as consequências da escravidão fossem anexadas ao termo, reclamado contra os abusos praticados pelos paulistas, demonstrou-lhes a impropriedade de usurpar um direito de dispor da liberdade dos índios. Os paulistas, que eram opulentos, e deviam toda a sua riqueza aos braços de seus numerosos administrados, decididos a expulsar os jesuítas para que as verdades que eles promulgassem não se opusessem ao seu interesse. A oposição recíproca de duas famílias, cada uma que desejava ter toda a administração do governo, levou-os, com seus respectivos partidários, a abrir a guerra, o que teria conduzido aos resultados mais desastrosos, se a prudência de alguns eclesiásticos não os tivesse desarmado no campo de batalha, persuadindo os chefes a um compromisso, pelo qual um número razoável das famílias envolvidas, desde então, deveriam entrar nas funções do governo. Este pacto, realizado no ano de 1654, continuou até meados do século seguinte.

Os jesuítas começaram esta cidade, no ano 1552, com a fundação de uma faculdade, na qual celebraram a primeira missa no dia da conversão do apóstolo cujo nome foi consagrado em 1554, e que proporcionou o subsequente nome de São Paulo para a cidade e província. Esta estrutura agora tornou-se o palácio do governador. Seis anos após o primeiro estabelecimento dos jesuítas, São Paulo adquiriu a denominação de cidade. Seus primeiros habitantes eram uma horda de índios Guayana, com o cacique ou chefe chamado Tebireca, que morava na aldeia de Piratinin, perto do pequeno rio do mesmo nome, não muito longe da nova colônia, que, em consequência, tomou a denominação de São Paulo de Piratininga, e manteve-o até o ano 1712, quando foi dignificada com o título de cidade, e, em 1746, foi ainda mais honrada por se tornar sede de um bispado. Os índios logo foram superados por um grande número de europeus, a quem eles chamaram emboabas, em consequência de suas pernas cobertas e que transmitiam às mentes dos índios uma semelhança de certos pássaros com pernas emplumadas assim chamados por eles. As alianças dos novos colonos, com os índios, produziram logo uma terceira classe de pessoas, a quem deram o nome de Mamelucos, com os quais o estabelecimento recebeu um aumento considerável.